20世紀最後の冒険は、少年たちの想像を超え、遠い未来へとつながっていく

2000年、ある田舎町の夏の日。小学生の祐介と岬たちは、森の中で、高度な知能を持つ小さなロボット「テトラ」と出会う。ロボットはどこから来たのか？
タイムマシンを研究する天才物理学者・神崎と共にテトラの秘密を探る祐介たち。一方、そのころ地球上空10万キロメートルに謎のエイリアン「ボイド人」の巨大宇宙船団が地球の海を狙って停泊していた。迫りくる地球の危機。岬はボイド人にさらわれてしまう。地球を守るため、岬を守るため、祐介はテトラが作った戦闘型ロボット・ガンゲリオンにありったけの勇気を持って乗り込んだ。果たして地球を守られるのか？