鳥羽水族館は、飼育種類数日本一、および、日本で唯一ジュゴンに会うことの出来るの大型水族館である。

館内は、生きものの種類や生きものたちが棲息する環境に合わせ、12のゾーンで構成。また、館内は観覧順序を無くした自由通路のため、全長約240メートル、通路全長約1.5キロメートルの規模を誇る大型施設でありながら、自分個人の時間に合わせて観覧することが出来る。

アシカやアザラシの仲間の生活を観察できる「海獣の王国」では、2018年7月に全面リニューアルを実施。世界初となる水上透明チューブを新たに設置し、水面ウォーキングを楽しむことも出来る。

その他にも、聞いたことはあるけど見たことがない生き物を展示する「へんな生き物研究所」や、巨大な水生ガメや極彩色のヤドクガエル、さらには水辺で魚を獲るネコなど、珍しい生きものたちが住む「奇跡の森」など、鳥羽水族館でしか見ることの出来ない展示コンテンツが多数存在する。