何事にも好奇心旺盛で、お話好きのトットちゃんは、落ち着きがないことを理由に小学校を退学になってしまう。東京の自由が丘に実在したトモエ学園に新しく通うことになったトットちゃんは、出会ったばかりの小林校長先生に優しく語りかけられる。「君は、ほんとうは、いい子なんだよ。」トットちゃんの元気いっぱい、すべてが初めてだらけの日々が始まる――。
映画『窓ぎわのトットちゃん』は、黒柳徹子の幼少期を綴ったベストセラー自伝的小説『窓ぎわのトットちゃん』を原作とするアニメ映画。第二次世界大戦が終わる少し前の激動の時代を背景に、トットちゃんの愉快な日常を通して日々のささやかな幸せや、個性の豊かさ、恩師からの教え、家族・友人への深い愛情を伝える物語となっている。
監督は、「劇場版ドラえもん」シリーズで数々のヒット作を世に送り出してきた八鍬新之介が務める。